브랜드 사용료에 대한 정부의 규제 정책이 타당하지 않다는 지적이 나왔다. 

한국경제연구원은 브랜드 '브랜드 사용료 사례와 시사점'보고서를 통해 브랜드 사용료율은 국내외 모두 기업마다 편차가 존재하며, 시장을 통해 자율적으로 결정되어야 한다고 주장했다.

최근 금융감독원은 지주회사 등이 계열사에게 브랜드 사용료 수취를 권고했다. 그러자 국세청은 수입을 줄여 세금을 덜 내기 위한 행위라며 세금 폭탄을 내렸다가 다시 취소되기도 했다. 결국 공정거래위원회가 기업의 브랜드 사용료를 규제하기로 하는 방침을 세웠다.  

이에 대해 한국경제연구원은 정부와 공정위의 브랜드 사용료 규제가 바람직하지 않다고 밝혔다. 

연구원에 따르면 국내 기업집단의 브랜드 사용료율(0.007%~0.75%)은 기업마다 차이를 보였다. 해외 주요 기업집단의 브랜드 사용료율은 매출액 대비 0.1%~2.0% 수준으로 나타났다. 인도의 타타그룹은 매출액의 0.1%~0.2%, 고드레지 그룹은 매출액의 0.5%를 브랜드 사용료로 산정하고 있다. 일본의 히타치 제작소는 통상 매출액의 0.3% 이하를 브랜드 수수료로 부과하고 있다. 미국의 크리스피 크림 도너츠는 특이하게 자회사(HDN Development Corporation社)가 상표권을 갖고 있어 모회사가 매출의 2%를 자회사에 브랜드 사용료로 지급하고 있다.

국내에는 법률이나 규정을 통해 브랜드 사용료를 규정한 사례가 있다. 농협은 농업협동조합법(159조의2의 제1항)에 따라 영업수익 또는 매출액2.5%의 범위에서 명칭에 대한 대가를 부과할 수 있도록 규정하고 있다. 실제 농협은 계열사에게 매출액의 0.3%~2.5%를 브랜드 사용료로 걷고 있다. 국립대인 서울대는 ‘서울대 상표의 관리에 관한 지침’을 통해 교내창업벤처에게는 매출액의 1% 이상, 서울대 기술지주회사 자회사에게는 매출액의 0.3% 이상을 경상상표사용료로 징수하고 있다.

연구원은 브랜드 사용료가 업종, 상품, 인지도, 시장형태, 브랜드 가치 등 여러 요인에 의해 결정되기 때문에 획일적인 기준을 적용하기는 어렵다고 지적하였다. 또한 브랜드가 일반 제품과 같은 재산이기 때문에 브랜드 사용료는 사적자치의 영역에서 자유롭게 결정되어야 한다고 주장했다. 일반적으로 제품에 공공성이 있거나 제품의 가격 수준이 타인에게 피해를 줄 수 있는 경우에만 제품 가격을 규제하는데 브랜드 사용료는 그런 경우에 해당하지 않는다는 것이다.

공정거래위원회도 ‘대기업집단 브랜드 수수료 실태점검 결과’ 자료를 통해 ‘그룹 브랜드 사용 거래는 계열사 사이에서 발생하므로 비교대상인 특수관계가 없는 제3자와의 거래를 찾기 어려워 정상가격 산정이 곤란하다’고 밝혔다. 더불어 ‘브랜드 사용으로 인한 경제적 이익의 크기는 업종, 상품종류 등에 따라 달라질 수 있어 단순 비교가 어렵다’고 밝혀 브랜드 사용료가 상황에 따라 상대적이라는 의견을 표명했다.

브랜드 사용료 지불에 대한 정부정책 역시 일관성을 보이지 못하고 있다. 2008년 금융감독원은 자회사가 지주회사의 상표권을 무상으로 사용하는 것은 부당지원행위에 해당한다며 지주사가 자회사로부터 브랜드 사용료를 받을 것을 권고했다. 2010년 국세청도 A금융지주가 자회사로부터 브랜드 사용료를 받지 않는 것은 부당지원이라고 900억 원 상당의 법인세를 지주사에 부과하였다. 또한 2011년에는 B금융지주에도 같은 이유로 법인세를 부과했다.

그러나 2013년에는 입장을 바꾸어 B은행이 지주사에 브랜드 사용료를 낸 것을 세금을 적게 내기 위한 부당거래로 보고 세금을 부과했다. 이후 B은행이 이의를 제기하자 국세청은 자체 심의를 통해 부과 결정을 취소하는 등 오락가락하는 모습을 보였다.

최근 브랜드 사용료를 규제하려는 움직임에 대하여 유환익 한국경제연구원 정책본부장은 “기업의 상황에 따라 천차만별인 브랜드 사용료를 일괄 규제하는 것은 시장원리에 반하는 과도한 정책”이라고 지적했다. 이에 “브랜드 사용료는 시장 자율에 맡기는 것이 바람직하다”고 밝혔다.